Plik można podpisywać w następujący sposób.

W PROGRAMIE:
Pełna wersja programu e-Sprawozdania pozwala podpisać pliki XML przy pomocy podpisu kwalifikowanego.
Ważne: Od wersji 1.0.06 programu składany podpis domyślnie zawierać będzie sygnaturę czasową.
Jeśli chcemy złożyć podpis bez sygnatury czasowej, należy odznaczyć odpowiednie pole w oknie wyboru certyfikatu.

INNE APLIKACJE:
Pliki XML można również podpisywać za pomocą posiadanych aplikacji do podpisu dostarczonych przez wydawcę podpisu.

E-PUAP:
Wg. stanu na dzień 2019-01-28 - KRS przyjmuje już e-Sprawozdania podpisane profilem zaufanym E-PUAP - Źródło: https://ekrs.ms.gov.pl/rdf/rd/Usługa E-PUAP nie udostępnia API pozwalającego na jej wykorzystanie przez zewnętrzne programy.
Dlatego aby podpisać plik profilem zaufanym - należy zrobić to na portalu E-PUAP

Czy wszyscy członkowie zarządu muszą podpisać plik tym samym sposobem?
Na chwilę obecną nie ma przeciwwskazań, aby kolejne osoby składały swoje podpisy przy użyciu różnych narzędzi.